Данные споры возникают вследствие ошибок должностных лиц, ответственны за военную ипотеку в воинских частях. Военного исключают из реестра, и он узнает об этом, когда принимает решение воспользоваться своим правом. В большинстве своем восстановление в реестре НИС происходит по заявлению с приложением документов подтверждающих непрерывный срок службы.
Проблемы бывают при начислении инвестиционного дохода за период. Суды в данной ситуации принимают сторону военнослужащих, решением суда на счет Участника доначисляются средства от инвестирования накоплений за утраченный период.